Atlantic bluefin tuna stomach contents 2018-2023, southern Gulf of St. Lawrence
PURPOSE:
This product serves a public facing webpage for the Canadian public to download Atlantic Bluefin Tuna stomach content data.
DESCRIPTION:
Metadata and stomach content from fish caught in the commercial fishery.
SAMPLING METHODS:
Stomachs were collected from Atlantic Bluefin Tuna (ABFT) caught from mid-August to late September over six years (2018–2023). Most samples originated from ABFT caught around the eastern end of Prince-Edward Island, which reflects the dominant ABFT fishing area, while a few samples were obtained from the Miscou/Baie-des-Chaleurs area in 2018 and 2019.
Fish were measured to the nearest curved fork length (cm) and weighed to the nearest round weight (kg). Stomachs were obtained directly from harvesters or through a fish buyer and were stored at −20 ◦C before being processed in the laboratory. Stomachs identification numbers were cross-referenced with ABFT tag numbers recorded by fish provider in order to obtain logbook and port data (catch location, time, weight length, sex, gear, etc.) for each sample. Stomachs were thawed in the laboratory and the content was sorted and identified to the lowest possible taxonomic level. For each stomach, prey were weighed collectively as a taxonomic group and individually to the nearest 0.1 g. Dead bait used to capture ABFT, identified by cut marks, were recorded and weighed but excluded from the analysis. Live bait items cannot be identified from stomach content analyses. Only a few otoliths were found in 2018 and their degraded quality precluded performing ageing or species identification. Rare and small prey items such as algae and rocks were classified in the category “other”. Fish remains that could not be identified were classified in the category “Unidentified teleostei remains”.
For 2019 to 2023, when stomach content items could not be visually identified and when tissue was available, tissue samples were collected and stored at −20 °C for DNA barcoding analysis. DNA extraction, mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 amplification, Sanger sequencing and species assignation were performed at the Plateforme d’Analyses Génomiques and Plateforme Bio-informatique of the Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (PAG-IBIS, Université Laval, Quebec city, QC, Canada, http://www.ibis.ulaval.ca/en/services-2/genomic-analysis-platform/). DNA was extracted from 20 mg of muscle tissue using the Omega Bio-tek E-Z-96 Tissue DNA Kit (Omega Bio-tek, Norcross GA, USA) following manufacturer instructions. The mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 region was amplified and sequenced as described in Hashemzadeh Segherloo et al., 2021). Sanger forward and reverse reads were analyzed independently using the Basic Local Alignment Search Tool against non-redundant sequences to identify the top hit for each sequence. When samples could not be identified by a top hit sequence they were classified as “unidentifiable fish”. Prey items that were successfully identified using DNA barcoding were incorporated into the stomach content analysis database and used in all subsequent diet analyses (abundance, occurrence and weight). The weight of the items used in the database was the weight of the remains as they were, and not reconstructed weights calculated for a live animal of the species identified by the barcoding.
USE LIMITATION:
To ensure scientific integrity and appropriate use of the data, we would encourage you to contact the data custodian.
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Informations supplémentaires
| Champ | Valeur |
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| Dernière mise à jour | octobre 20, 2025, 02:38 (TU) |
| Créé | octobre 20, 2025, 02:38 (TU) |
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Domaine / Sujet
Domaine ou sujet du jeu de données catalogué.
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Oceans |
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Titre
Titre du jeu de données.
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Atlantic bluefin tuna stomach contents 2018-2023, southern Gulf of St. Lawrence |
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Description
Une description du jeu de données.
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PURPOSE: This product serves a public facing webpage for the Canadian public to download Atlantic Bluefin Tuna stomach content data. DESCRIPTION: Metadata and stomach content from fish caught in the commercial fishery. SAMPLING METHODS: Stomachs were collected from Atlantic Bluefin Tuna (ABFT) caught from mid-August to late September over six years (2018–2023). Most samples originated from ABFT caught around the eastern end of Prince-Edward Island, which reflects the dominant ABFT fishing area, while a few samples were obtained from the Miscou/Baie-des-Chaleurs area in 2018 and 2019. Fish were measured to the nearest curved fork length (cm) and weighed to the nearest round weight (kg). Stomachs were obtained directly from harvesters or through a fish buyer and were stored at −20 ◦C before being processed in the laboratory. Stomachs identification numbers were cross-referenced with ABFT tag numbers recorded by fish provider in order to obtain logbook and port data (catch location, time, weight length, sex, gear, etc.) for each sample. Stomachs were thawed in the laboratory and the content was sorted and identified to the lowest possible taxonomic level. For each stomach, prey were weighed collectively as a taxonomic group and individually to the nearest 0.1 g. Dead bait used to capture ABFT, identified by cut marks, were recorded and weighed but excluded from the analysis. Live bait items cannot be identified from stomach content analyses. Only a few otoliths were found in 2018 and their degraded quality precluded performing ageing or species identification. Rare and small prey items such as algae and rocks were classified in the category “other”. Fish remains that could not be identified were classified in the category “Unidentified teleostei remains”. For 2019 to 2023, when stomach content items could not be visually identified and when tissue was available, tissue samples were collected and stored at −20 °C for DNA barcoding analysis. DNA extraction, mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 amplification, Sanger sequencing and species assignation were performed at the Plateforme d’Analyses Génomiques and Plateforme Bio-informatique of the Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (PAG-IBIS, Université Laval, Quebec city, QC, Canada, http://www.ibis.ulaval.ca/en/services-2/genomic-analysis-platform/). DNA was extracted from 20 mg of muscle tissue using the Omega Bio-tek E-Z-96 Tissue DNA Kit (Omega Bio-tek, Norcross GA, USA) following manufacturer instructions. The mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 region was amplified and sequenced as described in Hashemzadeh Segherloo et al., 2021). Sanger forward and reverse reads were analyzed independently using the Basic Local Alignment Search Tool against non-redundant sequences to identify the top hit for each sequence. When samples could not be identified by a top hit sequence they were classified as “unidentifiable fish”. Prey items that were successfully identified using DNA barcoding were incorporated into the stomach content analysis database and used in all subsequent diet analyses (abundance, occurrence and weight). The weight of the items used in the database was the weight of the remains as they were, and not reconstructed weights calculated for a live animal of the species identified by the barcoding. USE LIMITATION: To ensure scientific integrity and appropriate use of the data, we would encourage you to contact the data custodian. |
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Étiquettes / Mots-clés
Mots-clés/étiquettes catégorisant le jeu de données.
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Format (CSV, XLS, TXT, PDF, etc.)
Format de fichier du jeu de données.
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Taille du jeu de données
Taille du jeu de données en mégaoctets.
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Identifiant des métadonnées
Identifiant des métadonnées — peut être utilisé comme identifiant unique pour l’entrée du catalogue.
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Date de publication
Date de publication du jeu de données.
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2025-02-27 |
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Période temporelle des données (date de début)
Date de début des données dans le jeu de données.
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Période temporelle des données (date de fin)
Date de fin des données temporelles du jeu de données.
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Zone géospatiale couverte
Région spatiale ou lieu nommé couvert par le jeu de données.
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| Champ | Valeur |
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Catégorie d’accès
Type d’accès accordé pour le jeu de données (ouvert, restreint, service, etc.).
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Licence
Licence utilisée pour accéder au jeu de données.
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Open Government Licence - Canada |
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Restrictions d’utilisation
Restrictions d’utilisation des données.
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Emplacement
Emplacement du jeu de données.
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https://open.canada.ca/data/en/dataset/93b46916-f2e0-11ef-88e3-5d0a2a9fd0c5 |
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Service de données
Service de données pour accéder à un jeu de données.
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Propriétaire
Propriétaire du jeu de données.
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Fisheries and Oceans Canada | Pêches et Océans Canada |
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Point de contact
Qui contacter concernant l’accès ?
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Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada, [email protected] |
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Courriel du point de contact
Courriel à utiliser pour l’accès ?
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Éditeur
Éditeur du jeu de données.
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Courriel de l’éditeur
Adresse courriel de l’éditeur.
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[email protected] |
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Auteur
Auteur du jeu de données.
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Courriel de l'auteur
Adresse courriel de l’auteur.
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Date d’accès
Date à laquelle les données et métadonnées ont été consultées.
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| Champ | Valeur |
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Identifiant
Identifiant unique du jeu de données.
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Langue
Langue(s) du jeu de données
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Lien vers la description du jeu de données
Une URL vers un document externe décrivant le jeu de données.
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Identifiant persistant
Les données sont identifiées par un identifiant persistant.
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Identifiant globalement unique
Les données sont identifiées par un identifiant persistant et globalement unique.
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Contient des données sur des individus
Le jeu de données contient-il des données sur des individus ?
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Contient des données identifiables sur des individus
Le jeu de données contient-il des données identifiables sur des individus ?
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Contient des données autochtones
Le jeu de données contient-il des données sur des communautés autochtones ?
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Type de portail
Type de plateforme du portail source.
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| Champ | Valeur |
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Version
Version du jeu de données
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None |
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Source
Source du jeu de données.
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None |
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Notes de version
Notes de version à propos du jeu de données.
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Est une version d’un autre jeu de données
Lien vers le jeu de données dont celui-ci est une version.
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Autres versions
Lien vers les jeux de données qui en sont des versions.
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Texte de provenance
Texte de provenance des données.
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URL de provenance
URL de provenance des données.
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Résolution temporelle
Décrit la granularité des données temporelles dans le jeu de données.
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Résolution géospatiale en mètres
Décrit la granularité (en mètres) des données géospatiales dans le jeu de données.
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Résolution géospatiale (par régions)
Décrit la granularité (par régions) des données géospatiales dans le jeu de données.
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| Champ | Valeur |
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Permission de la communauté autochtone
Qui détient la permission de la communauté autochtone. Qui contacter pour l’accès à un jeu de données concernant des communautés autochtones.
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Permission communautaire
Permission communautaire (qui a accordé la permission).
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Les communautés autochtones concernées par le jeu de données
Communautés autochtones dont sont issues les données.
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| Champ | Valeur |
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Nombre de lignes de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de lignes.
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Nombre de colonnes de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de colonnes uniques.
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Nombre de cellules de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de cellules contenant des données.
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Nombre de relations de données
Pour un jeu de données RDF, nombre total de triplets.
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Nombre d’entités
Pour un jeu de données RDF, nombre total d’entités.
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Nombre de propriétés de données
Pour un jeu de données RDF, nombre total de propriétés uniques utilisées par les triplets.
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Qualité des données
Décrit la qualité des données du jeu de données.
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Métrique de qualité des données
Une métrique utilisée pour mesurer la qualité des données, telle que les valeurs manquantes ou les formats invalides.
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