Development of a coastal species characterization approach using environmental DNA (eDNA) using the marker COI

Species characterization by environmental DNA (eDNA) is a method that allows the use of DNA released into the environment by organisms from various sources (secretions, faeces, gametes, tissues, etc.). It is a complementary tool to standard sampling methods for the identification of biodiversity. This project provides a list of invertebrates species whose DNA has been detected in water samples collected at 2018 using the marker COI.

The surveys were carried out in the summer of 2018 from August 11 to 14, between Forestville and Godbout (Haute-Côte-Nord). Sampling was carried out between 9-52 meters depth in 40 stations with one sample par station. Two liters of water were filtered through a 1.2 µm fiberglass filter. DNA extractions were performed with the DNeasy Blood and Tissue extraction kit (Qiagen). Negative field, extraction and PCR controls were added at the different stages of the protocol. Libraries at the COI locus were prepared by Genome Quebec and sequenced on an Illumina MiSeq PE250 system. The bioinformatics analysis of the sequences obtained was carried out using an in-house analysis pipeline as reported in Bourret et al. 2022. A first step made it possible to obtain a molecular operational taxonomic unit table (MOTU) using the cutadapt software for the removal of the adapters and the DADA2 R package for the filtration, fusion, chimera removal and data compilation. The MOTUs table was subsequently corrected by taking into account the negative controls, where the number of observations in the latter was removed from the linked samples. Singleton MOTUs have also been removed. Finally, the taxonomic assignments were carried out on the MOTUs using the IDTAXA classifier (present in the DECIPHIER R package) using a training set trained on the COI reference bank for Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) and a threshold of 40. Detections with an “Unreliable due to gaps” category were reported at the genus level only.

The file provided includes generic activity information, including site, station name, date, marker type, assignment types used for taxa identification, and a list of taxa or species. The list of taxa has been verified by a biodiversity expert from the Maurice-Lamontagne Institute.

This project was funded by Fisheries and Oceans Canada's Coastal Environmental Baseline Data Program under the Oceans Protection Plan. This initiative aims to acquire baseline environmental data that contributes to the characterization of significant coastal areas and supports evidence-based assessments and management decisions to preserve marine ecosystems.

Data are also available on SLGO platform : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b

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Champ	Valeur
Dernière mise à jour	octobre 20, 2025, 02:41 (TU)
Créé	octobre 20, 2025, 02:41 (TU)
Domaine / Sujet Domaine ou sujet du jeu de données catalogué.	Environment, Oceans
Titre Titre du jeu de données.	Development of a coastal species characterization approach using environmental DNA (eDNA) using the marker COI
Description Une description du jeu de données.	Species characterization by environmental DNA (eDNA) is a method that allows the use of DNA released into the environment by organisms from various sources (secretions, faeces, gametes, tissues, etc.). It is a complementary tool to standard sampling methods for the identification of biodiversity. This project provides a list of invertebrates species whose DNA has been detected in water samples collected at 2018 using the marker COI. The surveys were carried out in the summer of 2018 from August 11 to 14, between Forestville and Godbout (Haute-Côte-Nord). Sampling was carried out between 9-52 meters depth in 40 stations with one sample par station. Two liters of water were filtered through a 1.2 µm fiberglass filter. DNA extractions were performed with the DNeasy Blood and Tissue extraction kit (Qiagen). Negative field, extraction and PCR controls were added at the different stages of the protocol. Libraries at the COI locus were prepared by Genome Quebec and sequenced on an Illumina MiSeq PE250 system. The bioinformatics analysis of the sequences obtained was carried out using an in-house analysis pipeline as reported in Bourret et al. 2022. A first step made it possible to obtain a molecular operational taxonomic unit table (MOTU) using the cutadapt software for the removal of the adapters and the DADA2 R package for the filtration, fusion, chimera removal and data compilation. The MOTUs table was subsequently corrected by taking into account the negative controls, where the number of observations in the latter was removed from the linked samples. Singleton MOTUs have also been removed. Finally, the taxonomic assignments were carried out on the MOTUs using the IDTAXA classifier (present in the DECIPHIER R package) using a training set trained on the COI reference bank for Golf St-Laurent (GSL-rl v1.0, https://github.com/GenomicsMLI-DFO/MLI_GSL-rl) and a threshold of 40. Detections with an “Unreliable due to gaps” category were reported at the genus level only. The file provided includes generic activity information, including site, station name, date, marker type, assignment types used for taxa identification, and a list of taxa or species. The list of taxa has been verified by a biodiversity expert from the Maurice-Lamontagne Institute. This project was funded by Fisheries and Oceans Canada's Coastal Environmental Baseline Data Program under the Oceans Protection Plan. This initiative aims to acquire baseline environmental data that contributes to the characterization of significant coastal areas and supports evidence-based assessments and management decisions to preserve marine ecosystems. Data are also available on SLGO platform : https://doi.org/10.26071/ogsl-cd4c205b-f63b
Étiquettes / Mots-clés Mots-clés/étiquettes catégorisant le jeu de données.	COI Fish Invertebrate Metabarcoding Nature and Environment Quebec St. Lawrence River
Format (CSV, XLS, TXT, PDF, etc.) Format de fichier du jeu de données.
Taille du jeu de données Taille du jeu de données en mégaoctets.
Identifiant des métadonnées Identifiant des métadonnées — peut être utilisé comme identifiant unique pour l’entrée du catalogue.
Date de publication Date de publication du jeu de données.	2022-12-02
Période temporelle des données (date de début) Date de début des données dans le jeu de données.
Période temporelle des données (date de fin) Date de fin des données temporelles du jeu de données.
Zone géospatiale couverte Région spatiale ou lieu nommé couvert par le jeu de données.

Champ	Valeur
Catégorie d’accès Type d’accès accordé pour le jeu de données (ouvert, restreint, service, etc.).
Licence Licence utilisée pour accéder au jeu de données.	Open Government Licence - Canada
Restrictions d’utilisation Restrictions d’utilisation des données.
Emplacement Emplacement du jeu de données.	https://open.canada.ca/data/en/dataset/6319d10d-2ea7-44af-bfde-20e2da053d5a
Service de données Service de données pour accéder à un jeu de données.
Propriétaire Propriétaire du jeu de données.	Fisheries and Oceans Canada | Pêches et Océans Canada
Point de contact Qui contacter concernant l’accès ?
Courriel du point de contact Courriel à utiliser pour l’accès ?
Éditeur Éditeur du jeu de données.
Courriel de l’éditeur Adresse courriel de l’éditeur.	[email protected]
Auteur Auteur du jeu de données.
Courriel de l'auteur Adresse courriel de l’auteur.
Date d’accès Date à laquelle les données et métadonnées ont été consultées.

Champ	Valeur
Identifiant Identifiant unique du jeu de données.
Langue Langue(s) du jeu de données
Lien vers la description du jeu de données Une URL vers un document externe décrivant le jeu de données.
Identifiant persistant Les données sont identifiées par un identifiant persistant.
Identifiant globalement unique Les données sont identifiées par un identifiant persistant et globalement unique.
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Contient des données identifiables sur des individus Le jeu de données contient-il des données identifiables sur des individus ?
Contient des données autochtones Le jeu de données contient-il des données sur des communautés autochtones ?
Type de portail Type de plateforme du portail source.

Champ	Valeur
Version Version du jeu de données	None
Source Source du jeu de données.	None
Notes de version Notes de version à propos du jeu de données.
Est une version d’un autre jeu de données Lien vers le jeu de données dont celui-ci est une version.
Autres versions Lien vers les jeux de données qui en sont des versions.
Texte de provenance Texte de provenance des données.
URL de provenance URL de provenance des données.
Résolution temporelle Décrit la granularité des données temporelles dans le jeu de données.
Résolution géospatiale en mètres Décrit la granularité (en mètres) des données géospatiales dans le jeu de données.
Résolution géospatiale (par régions) Décrit la granularité (par régions) des données géospatiales dans le jeu de données.

Champ	Valeur
Permission de la communauté autochtone Qui détient la permission de la communauté autochtone. Qui contacter pour l’accès à un jeu de données concernant des communautés autochtones.
Permission communautaire Permission communautaire (qui a accordé la permission).
Les communautés autochtones concernées par le jeu de données Communautés autochtones dont sont issues les données.

Champ	Valeur
Nombre de lignes de données Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de lignes.
Nombre de colonnes de données Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de colonnes uniques.
Nombre de cellules de données Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de cellules contenant des données.
Nombre de relations de données Pour un jeu de données RDF, nombre total de triplets.
Nombre d’entités Pour un jeu de données RDF, nombre total d’entités.
Nombre de propriétés de données Pour un jeu de données RDF, nombre total de propriétés uniques utilisées par les triplets.
Qualité des données Décrit la qualité des données du jeu de données.
Métrique de qualité des données Une métrique utilisée pour mesurer la qualité des données, telle que les valeurs manquantes ou les formats invalides.

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