Cold-water coral DNA sequences from Eastern Canada: Part 1

Cold-water corals are conspicuous in the waters off Eastern Canada. Despite that, there are few DNA sequence records from specimens collected in the region available in GenBank, and not all species recorded in the region have sequence data regardless of geographic origin. This can limit the use of eDNA techniques to detect and identify corals. Our objective was to sequence and publish sequences for two octocoral DNA barcoding markers: CO1 and MutS. We sequenced and deposited 36 sequences to GenBank from 19 specimens representing three sea pen taxa (Octocorallia: Pennatuloidea): Distichoptilum gracile, Pennatula aculeata, and Protoptilum carpenteri. Identification of all specimens was confirmed by B. M. Neves before submission. Specimens and DNA tissues were donated to the Canadian Museum of Nature, where they are currently stored. This publication is part 1 of a series of GenBank submissions by our lab.

Specimens were collected from across the Northwest Atlantic and originate from depths ranging between 200-1924 meters. Specimens were collected as part of research vessel multispecies trawl surveys or remotely operated vehicle (ROV ROPOS) surveys. DNA was isolated and purified using the QIAgen DNeasy Blood and Tissue kit, with an initial overnight incubation with Proteinase K. Two commonly used octocoral barcoding regions were amplified using previously described primers: 1) COII8068F (McFadden et al., 2004) and COIOCTR (France and Hoover, 2002) for the CO1 gene, and 2) ND42599F (France and Hoover, 2002) and mut3458R (Sánchez et al., 2003) for the MutS gene. Amplifications were conducted using 12.5 µl of Green DreamTaq Master Mix (Thermo Fisher Scientific), 1 µl of template DNA, 0.5 µl of each 10 µM forward and reverse primers, 0.5 µl of 10 µM reverse primer, and 10.5 µl of water. Thermocycling was run as follows: 3 min of initial denaturation at 95 °C, followed by 40 cycles at 95 °C for 30 s, 30 s at annealing temperature of 48 °C, then 65 s at an extension temperature of 72 °C, and a final elongation at 72 °C for 4 min. PCR products were cleaned using Agencourt AMPure XP Beads (Beckman Coulter) and sent to The Center for Advanced Genomics, Toronto, Canada for Sanger sequencing. Sequences were visualized and aligned using Geneious Prime 2022.0.2. Obtained sequences have been deposited in GenBank under accession numbers OQ569768- OQ569784 and OQ420359- OQ420377.

This work was funded by Fisheries and Oceans Canada under an Enhanced Regional Capacity grant (2020-2021) and the Marine Conservation Targets (MCT) program (2021-2024), Newfoundland and Labrador Region.

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Champ Valeur
Dernière mise à jour octobre 20, 2025, 02:52 (TU)
Créé octobre 20, 2025, 02:52 (TU)
Domaine / Sujet
Domaine ou sujet du jeu de données catalogué.
Biota, Oceans
Titre
Titre du jeu de données.
Cold-water coral DNA sequences from Eastern Canada: Part 1
Description
Une description du jeu de données.

Cold-water corals are conspicuous in the waters off Eastern Canada. Despite that, there are few DNA sequence records from specimens collected in the region available in GenBank, and not all species recorded in the region have sequence data regardless of geographic origin. This can limit the use of eDNA techniques to detect and identify corals. Our objective was to sequence and publish sequences for two octocoral DNA barcoding markers: CO1 and MutS. We sequenced and deposited 36 sequences to GenBank from 19 specimens representing three sea pen taxa (Octocorallia: Pennatuloidea): Distichoptilum gracile, Pennatula aculeata, and Protoptilum carpenteri. Identification of all specimens was confirmed by B. M. Neves before submission. Specimens and DNA tissues were donated to the Canadian Museum of Nature, where they are currently stored. This publication is part 1 of a series of GenBank submissions by our lab.

Specimens were collected from across the Northwest Atlantic and originate from depths ranging between 200-1924 meters. Specimens were collected as part of research vessel multispecies trawl surveys or remotely operated vehicle (ROV ROPOS) surveys. DNA was isolated and purified using the QIAgen DNeasy Blood and Tissue kit, with an initial overnight incubation with Proteinase K. Two commonly used octocoral barcoding regions were amplified using previously described primers: 1) COII8068F (McFadden et al., 2004) and COIOCTR (France and Hoover, 2002) for the CO1 gene, and 2) ND42599F (France and Hoover, 2002) and mut3458R (Sánchez et al., 2003) for the MutS gene. Amplifications were conducted using 12.5 µl of Green DreamTaq Master Mix (Thermo Fisher Scientific), 1 µl of template DNA, 0.5 µl of each 10 µM forward and reverse primers, 0.5 µl of 10 µM reverse primer, and 10.5 µl of water. Thermocycling was run as follows: 3 min of initial denaturation at 95 °C, followed by 40 cycles at 95 °C for 30 s, 30 s at annealing temperature of 48 °C, then 65 s at an extension temperature of 72 °C, and a final elongation at 72 °C for 4 min. PCR products were cleaned using Agencourt AMPure XP Beads (Beckman Coulter) and sent to The Center for Advanced Genomics, Toronto, Canada for Sanger sequencing. Sequences were visualized and aligned using Geneious Prime 2022.0.2. Obtained sequences have been deposited in GenBank under accession numbers OQ569768- OQ569784 and OQ420359- OQ420377.

This work was funded by Fisheries and Oceans Canada under an Enhanced Regional Capacity grant (2020-2021) and the Marine Conservation Targets (MCT) program (2021-2024), Newfoundland and Labrador Region.
Étiquettes / Mots-clés
Mots-clés/étiquettes catégorisant le jeu de données.
Format (CSV, XLS, TXT, PDF, etc.)
Format de fichier du jeu de données.
Taille du jeu de données
Taille du jeu de données en mégaoctets.
Identifiant des métadonnées
Identifiant des métadonnées — peut être utilisé comme identifiant unique pour l’entrée du catalogue.
Date de publication
Date de publication du jeu de données.
2024-01-01
Période temporelle des données (date de début)
Date de début des données dans le jeu de données.
Période temporelle des données (date de fin)
Date de fin des données temporelles du jeu de données.
Zone géospatiale couverte
Région spatiale ou lieu nommé couvert par le jeu de données.
Champ Valeur
Catégorie d’accès
Type d’accès accordé pour le jeu de données (ouvert, restreint, service, etc.).
Licence
Licence utilisée pour accéder au jeu de données.
Open Government Licence - Canada
Restrictions d’utilisation
Restrictions d’utilisation des données.
Emplacement
Emplacement du jeu de données.
https://open.canada.ca/data/en/dataset/59ab7ce5-8d27-443c-bab0-5c699f820c70
Service de données
Service de données pour accéder à un jeu de données.
Propriétaire
Propriétaire du jeu de données.
Fisheries and Oceans Canada | Pêches et Océans Canada
Point de contact
Qui contacter concernant l’accès ?
Government of Canada; Fisheries and Oceans Canada, [email protected]
Courriel du point de contact
Courriel à utiliser pour l’accès ?
Éditeur
Éditeur du jeu de données.
Courriel de l’éditeur
Adresse courriel de l’éditeur.
[email protected]
Auteur
Auteur du jeu de données.
Courriel de l'auteur
Adresse courriel de l’auteur.
Date d’accès
Date à laquelle les données et métadonnées ont été consultées.
Champ Valeur
Identifiant
Identifiant unique du jeu de données.
Langue
Langue(s) du jeu de données
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Une URL vers un document externe décrivant le jeu de données.
Identifiant persistant
Les données sont identifiées par un identifiant persistant.
Identifiant globalement unique
Les données sont identifiées par un identifiant persistant et globalement unique.
Contient des données sur des individus
Le jeu de données contient-il des données sur des individus ?
Contient des données identifiables sur des individus
Le jeu de données contient-il des données identifiables sur des individus ?
Contient des données autochtones
Le jeu de données contient-il des données sur des communautés autochtones ?
Type de portail
Type de plateforme du portail source.
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Version
Version du jeu de données
None
Source
Source du jeu de données.
None
Notes de version
Notes de version à propos du jeu de données.
Est une version d’un autre jeu de données
Lien vers le jeu de données dont celui-ci est une version.
Autres versions
Lien vers les jeux de données qui en sont des versions.
Texte de provenance
Texte de provenance des données.
URL de provenance
URL de provenance des données.
Résolution temporelle
Décrit la granularité des données temporelles dans le jeu de données.
Résolution géospatiale en mètres
Décrit la granularité (en mètres) des données géospatiales dans le jeu de données.
Résolution géospatiale (par régions)
Décrit la granularité (par régions) des données géospatiales dans le jeu de données.
Champ Valeur
Permission de la communauté autochtone
Qui détient la permission de la communauté autochtone. Qui contacter pour l’accès à un jeu de données concernant des communautés autochtones.
Permission communautaire
Permission communautaire (qui a accordé la permission).
Les communautés autochtones concernées par le jeu de données
Communautés autochtones dont sont issues les données.
Champ Valeur
Nombre de lignes de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de lignes.
Nombre de colonnes de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de colonnes uniques.
Nombre de cellules de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de cellules contenant des données.
Nombre de relations de données
Pour un jeu de données RDF, nombre total de triplets.
Nombre d’entités
Pour un jeu de données RDF, nombre total d’entités.
Nombre de propriétés de données
Pour un jeu de données RDF, nombre total de propriétés uniques utilisées par les triplets.
Qualité des données
Décrit la qualité des données du jeu de données.
Métrique de qualité des données
Une métrique utilisée pour mesurer la qualité des données, telle que les valeurs manquantes ou les formats invalides.

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