Descriptive analyses of bacterial communities in marine sediment microcosms spiked with fish wastes, emamectin benzoate, and oxytetracycline
In marine sediments surrounding salmon aquaculture sites, organic matter (OM) enrichment has been shown to influence resident bacterial community composition; however, additional effects on these communities due to combined use of the sea-lice therapeutant emamectin benzoate (EMB) and the widely used antibiotic oxytetracycline (OTC) are unknown. Here, we use sediment microcosms to assess the influence of OM, EMB, and OTC on benthic bacterial communities. Microcosms consisted of mud or sand sediments enriched with OM (fish and feed wastes) and spiked with EMB and OTC at environmentally-relevant concentrations. Samples were collected from initial matrices at the initiation of the trial and after 110 days for 16 S rRNA gene sequencing of the V3-V4 region and microbiome profiling. The addition of OM in both mud and sand sediments reduced alpha diversities; for example, an average of 1106 amplicon sequence variants (ASVs) were detected in mud with no OM addition, while only 729 and 596 ASVs were detected in mud with low OM and high OM, respectively. Sediments enriched with OM had higher relative abundances of Spirochaetota, Firmicutes, and Bacteroidota. For instance, Spirochaetota were detected in sediments with no OM with a relative abundance range of 0.01–1.2%, while in sediments enriched with OM relative abundance varied from 0.16% to 26.1%. In contrast, the addition of EMB (60 ng/g) or OTC (150 ng/g) did not result in distinct taxonomic shifts in the bacterial communities compared to un-spiked sediments during the timeline of this experiment. EMB and OTC concentrations may have been below effective inhibitor concentrations for taxa in these communities; further work should explore gene content and the presence of antibiotic resistance genes (ARGs) in sediment-dwelling bacteria.
Cite this data as: Lisa A. Johnson, Suzanne C. Dufour, Derek D.N. Smith, Anthony J. Manning, Bulbul Ahmed, Sherry Binette, Dounia Hamoutene. Descriptive analyses of bacterial communities in marine sediment microcosms spiked with fish wastes, emamectin benzoate, and oxytetracycline. Ecotoxicology and Environmental Safety. Volume 268. 2023. 115683. ISSN 0147-6513. https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2023.115683
Jeux de données disponibles au téléchargement
Informations supplémentaires
| Champ | Valeur |
|---|---|
| Dernière mise à jour | octobre 20, 2025, 02:49 (TU) |
| Créé | octobre 20, 2025, 02:49 (TU) |
|
Domaine / Sujet
Domaine ou sujet du jeu de données catalogué.
|
Biota, Environment, Oceans |
|
Titre
Titre du jeu de données.
|
Descriptive analyses of bacterial communities in marine sediment microcosms spiked with fish wastes, emamectin benzoate, and oxytetracycline |
|
Description
Une description du jeu de données.
|
In marine sediments surrounding salmon aquaculture sites, organic matter (OM) enrichment has been shown to influence resident bacterial community composition; however, additional effects on these communities due to combined use of the sea-lice therapeutant emamectin benzoate (EMB) and the widely used antibiotic oxytetracycline (OTC) are unknown. Here, we use sediment microcosms to assess the influence of OM, EMB, and OTC on benthic bacterial communities. Microcosms consisted of mud or sand sediments enriched with OM (fish and feed wastes) and spiked with EMB and OTC at environmentally-relevant concentrations. Samples were collected from initial matrices at the initiation of the trial and after 110 days for 16 S rRNA gene sequencing of the V3-V4 region and microbiome profiling. The addition of OM in both mud and sand sediments reduced alpha diversities; for example, an average of 1106 amplicon sequence variants (ASVs) were detected in mud with no OM addition, while only 729 and 596 ASVs were detected in mud with low OM and high OM, respectively. Sediments enriched with OM had higher relative abundances of Spirochaetota, Firmicutes, and Bacteroidota. For instance, Spirochaetota were detected in sediments with no OM with a relative abundance range of 0.01–1.2%, while in sediments enriched with OM relative abundance varied from 0.16% to 26.1%. In contrast, the addition of EMB (60 ng/g) or OTC (150 ng/g) did not result in distinct taxonomic shifts in the bacterial communities compared to un-spiked sediments during the timeline of this experiment. EMB and OTC concentrations may have been below effective inhibitor concentrations for taxa in these communities; further work should explore gene content and the presence of antibiotic resistance genes (ARGs) in sediment-dwelling bacteria. Cite this data as: Lisa A. Johnson, Suzanne C. Dufour, Derek D.N. Smith, Anthony J. Manning, Bulbul Ahmed, Sherry Binette, Dounia Hamoutene. Descriptive analyses of bacterial communities in marine sediment microcosms spiked with fish wastes, emamectin benzoate, and oxytetracycline. Ecotoxicology and Environmental Safety. Volume 268. 2023. 115683. ISSN 0147-6513. https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2023.115683 |
|
Étiquettes / Mots-clés
Mots-clés/étiquettes catégorisant le jeu de données.
|
|
|
Format (CSV, XLS, TXT, PDF, etc.)
Format de fichier du jeu de données.
|
|
|
Taille du jeu de données
Taille du jeu de données en mégaoctets.
|
|
|
Identifiant des métadonnées
Identifiant des métadonnées — peut être utilisé comme identifiant unique pour l’entrée du catalogue.
|
|
|
Date de publication
Date de publication du jeu de données.
|
2024-12-30 |
|
Période temporelle des données (date de début)
Date de début des données dans le jeu de données.
|
|
|
Période temporelle des données (date de fin)
Date de fin des données temporelles du jeu de données.
|
|
|
Zone géospatiale couverte
Région spatiale ou lieu nommé couvert par le jeu de données.
|
| Champ | Valeur |
|---|---|
|
Catégorie d’accès
Type d’accès accordé pour le jeu de données (ouvert, restreint, service, etc.).
|
|
|
Licence
Licence utilisée pour accéder au jeu de données.
|
Open Government Licence - Canada |
|
Restrictions d’utilisation
Restrictions d’utilisation des données.
|
|
|
Emplacement
Emplacement du jeu de données.
|
https://open.canada.ca/data/en/dataset/519f52ef-100b-4a0e-addb-ce0b78b8e4ac |
|
Service de données
Service de données pour accéder à un jeu de données.
|
|
|
Propriétaire
Propriétaire du jeu de données.
|
Fisheries and Oceans Canada | Pêches et Océans Canada |
|
Point de contact
Qui contacter concernant l’accès ?
|
|
|
Courriel du point de contact
Courriel à utiliser pour l’accès ?
|
|
|
Éditeur
Éditeur du jeu de données.
|
|
|
Courriel de l’éditeur
Adresse courriel de l’éditeur.
|
[email protected] |
|
Auteur
Auteur du jeu de données.
|
|
|
Courriel de l'auteur
Adresse courriel de l’auteur.
|
|
|
Date d’accès
Date à laquelle les données et métadonnées ont été consultées.
|
| Champ | Valeur |
|---|---|
|
Identifiant
Identifiant unique du jeu de données.
|
|
|
Langue
Langue(s) du jeu de données
|
|
|
Lien vers la description du jeu de données
Une URL vers un document externe décrivant le jeu de données.
|
|
|
Identifiant persistant
Les données sont identifiées par un identifiant persistant.
|
|
|
Identifiant globalement unique
Les données sont identifiées par un identifiant persistant et globalement unique.
|
|
|
Contient des données sur des individus
Le jeu de données contient-il des données sur des individus ?
|
|
|
Contient des données identifiables sur des individus
Le jeu de données contient-il des données identifiables sur des individus ?
|
|
|
Contient des données autochtones
Le jeu de données contient-il des données sur des communautés autochtones ?
|
|
|
Type de portail
Type de plateforme du portail source.
|
| Champ | Valeur |
|---|---|
|
Version
Version du jeu de données
|
None |
|
Source
Source du jeu de données.
|
None |
|
Notes de version
Notes de version à propos du jeu de données.
|
|
|
Est une version d’un autre jeu de données
Lien vers le jeu de données dont celui-ci est une version.
|
|
|
Autres versions
Lien vers les jeux de données qui en sont des versions.
|
|
|
Texte de provenance
Texte de provenance des données.
|
|
|
URL de provenance
URL de provenance des données.
|
|
|
Résolution temporelle
Décrit la granularité des données temporelles dans le jeu de données.
|
|
|
Résolution géospatiale en mètres
Décrit la granularité (en mètres) des données géospatiales dans le jeu de données.
|
|
|
Résolution géospatiale (par régions)
Décrit la granularité (par régions) des données géospatiales dans le jeu de données.
|
| Champ | Valeur |
|---|---|
|
Permission de la communauté autochtone
Qui détient la permission de la communauté autochtone. Qui contacter pour l’accès à un jeu de données concernant des communautés autochtones.
|
|
|
Permission communautaire
Permission communautaire (qui a accordé la permission).
|
|
|
Les communautés autochtones concernées par le jeu de données
Communautés autochtones dont sont issues les données.
|
| Champ | Valeur |
|---|---|
|
Nombre de lignes de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de lignes.
|
|
|
Nombre de colonnes de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de colonnes uniques.
|
|
|
Nombre de cellules de données
Pour un jeu de données tabulaire, nombre total de cellules contenant des données.
|
|
|
Nombre de relations de données
Pour un jeu de données RDF, nombre total de triplets.
|
|
|
Nombre d’entités
Pour un jeu de données RDF, nombre total d’entités.
|
|
|
Nombre de propriétés de données
Pour un jeu de données RDF, nombre total de propriétés uniques utilisées par les triplets.
|
|
|
Qualité des données
Décrit la qualité des données du jeu de données.
|
|
|
Métrique de qualité des données
Une métrique utilisée pour mesurer la qualité des données, telle que les valeurs manquantes ou les formats invalides.
|
0 Commentaires